肛周脓肿发作原因尚未明确，但是对于诱因存在共识，比如饮食因素，辛辣、刺激、饮酒都有可能增加肛周脓肿发作的概率。而生活习惯，如熬夜、久坐等，使整个机体抵抗力和免疫力下降的诱因，都可能增加肛周脓肿发作的几率。

导致肛肠脓肿发生的原因很多，外伤或者排便以后损伤均可能导致发生脓肿。但是临床上所谓的肛周脓肿指腺源性肛周脓肿，即肛窦、肛腺感染以后形成的脓肿，包括不同范围，如坐骨直肠窝、直肠后间隙、肛周皮下间隙，不同间隙的脓肿最后预后和治疗方案不同。