全身磁共振检查应用较为广泛，可以检查全身各部位，通常依据临床需要进行相应检查。该检查优势在于对软组织分辨率高，无射线辐射损伤，具体检查部位需要取决于疾病。

常见脑血管病变可以行颅脑磁共振检查，怀疑腰间盘是否突出，以及脊髓是否存在异常，可以行颈、胸、腰椎磁共振检查。怀疑关节异常，可以进行膝关节、髋关节、踝关节磁共振检查。怀疑腹部实质性器官，可以行肝、胆、胰、脾、双肾磁共振检查。怀疑生殖器官异常，可以行女性子宫或男性前列腺检查等。