对于腔隙性脑梗死的治疗，根据临床表现不同，治疗也不同。急性的脑卒中表现的患者，一般是遵从于急性脑血管病的治疗原则。如有些患者在发病早期会采取溶栓的治疗措施。如果经过评判不符合溶栓标准，会给予患者抗血小板药物和他汀类的药物，针对基础疾病治疗，配合神经保护的药物。

如果腔隙性脑梗死表现为慢性过程，以认知功能受损为主，除针对基础疾病的治疗外，还要给患者改善认知的药物。通过早期的改善认知药物的治疗，防止患者出现血管性痴呆的临床表现，以免造成严重的生活自理能力下降。