子宫内膜异位症的治疗是比较复杂的过程，医生会根据子宫内膜异位症发生的部位、性质等来进行综合的治疗。如做检查时，B超发现卵巢上有子宫内膜异位囊肿，俗称巧克力囊肿，如果超过了4cm，会建议进行手术治疗。若出现性交痛、不孕症等症状，可能也需要进行手术的干预。

若患者临近绝经期，可以选择观察。子宫内膜异位症的患者在手术后还需要进行手段的干预，以达到预防复发的目的，常用的手段就是药物治疗，包括长效的GnRHa以及口服避孕药等。