打嗝时耳朵里疼痛可能为咽鼓管功能障碍，咽鼓管又称耳咽管，是耳部与咽部相通的管道，咽鼓管即耳咽管重要的生理功能为调节中耳气压与外界大气压的平衡。在进行吞咽、咀嚼、打嗝、打哈欠等动作时，咽鼓管周围肌肉规律地收缩，牵扯咽鼓管中的黏膜和皱褶使其打开，调整中耳与外界大气压。
咽鼓管功能障碍，咽鼓管不通畅，打嗝时气压出现变化，与中耳的气压不一致，可以引起局部疼痛、不适感。如果打嗝时出现耳朵内疼痛，通常提示咽鼓管出现功能障碍，应及时评估出现咽鼓管功能障碍的原因并尽早解决，恢复咽鼓管通气，平衡中耳与外界的气压，以免产生更为严重的后果。
