患者头顶里一阵一阵痛，主要原因具体如下：

1、原发性头痛：一般是指的颅内没有特殊疾病，导致的原发性或特发性头痛，如偏头痛、紧张性头痛等，均可以表现为是一阵一阵的疼痛；

2、继发性头痛：可以继发于全身系统性的疾病，如发烧、高血压病、抑郁症等可以引起头痛；亦可以继发于颅内、外器质性的疾病，如颅内的炎症、脑炎、脑膜炎、血管病、脑出血、蛛网膜下腔出血，或头部外伤、硬膜下血肿，脑肿瘤、静脉窦血栓形成，导致的高颅压状态等，均会出现头顶一阵阵的痛。若出现持续不能好转的头痛，患者应及时到医院就诊。