判断胃肠道间质瘤复发风险的方法是危险度分级，胃肠道间质瘤的危险度分级，主要用于手术切除后的胃肠道间质瘤患者。根据肿瘤的大小、核分裂象计数、肿瘤原发部位，胃肠道间质瘤通常分为四个等级，分别为极低危、低危、中危、高危。
如果核分裂象计数≤5、肿瘤大小＜5cm，通常属于极低危和低危，这类患者发生复发和转移的风险较低。而非胃原发的肿瘤大小＞2cm，或者胃来源的肿瘤大小在2-5cm及以上、核分裂象＞5，通常是属于中高危的患者，这部分患者极易发生复发和转移。
危险度分级的意义，在于将复发转移为高风险的患者筛查出来，确定患者是否需要进行术后辅助治疗，以能够从术后辅助的靶向药物治疗中获益。复发风险低的患者通常不推荐行术后辅助治疗，而复发风险高的患者必须建议进行术后辅助靶向药物治疗。
