黄连上清片、牛黄上清片的主要区别为组成的药物不同，功效、主治无较大区别。黄连上清片的主要组成药物有黄连、黄芩、黄柏、栀子、大黄、桔梗、白芷、防风、蔓荆子、石膏等。牛黄上清片主要由人工牛黄、黄芩、黄连、黄柏、栀子、大黄、石膏、薄荷、菊花等药物组成。

黄连上清片具有散风清热、解毒止痛的作用，牛黄上清片具有清热解毒、泻火止痛的作用，两者的功效较相近；黄连上清片和牛黄上清片，均可以治疗中上焦风热所引起的一系列症状，比如面红目赤、口舌生疮、口腔溃疡、牙龈肿痛、咽喉疼痛、小便短赤、大便闭结等。