心脏黏液瘤手术本身并不大，手术较简单但性质较差，与搭桥手术、换瓣手术、先心病手术不同，不涉及良恶性事件。心脏黏液瘤即使是良性肿瘤，也属于长在心脏内的肿瘤，具有复发与切除不干净的可能性。心脏黏液瘤手术与瓣膜手术、机械瓣膜成形置换手术、搭桥手术相比属于小型手术，而如果患者涉及到对心脏动刀，进行切口，此时则不属于小型手术。但患者无需过于担心，配合医生即可。
多数黏液瘤有蒂，并且处于左心房，可以与房间隔相连，手术时需要切掉肿瘤和部分房间隔，即黏液瘤切除术。此时手术需要全麻、体外循环、在心脏停跳的条件下进行，从而将黏液瘤完整切除。另外，切除的黏液瘤还要送病理科进行病理分析，区别良、恶性。若房间隔切除较多，可以用涤纶布或心包进行修补。通常患者术后恢复较快，术后7天即可出院，1个月后进行复查，若未复发则每年复查1次即可。
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