克罗恩肛瘘属于克罗恩病肛周病变，治疗一般包括药物治疗和手术治疗，现在主张多学科联合治疗，如内科药物治疗再联合外科手术，如应用抗生素、生物制剂等克罗恩病药物，还有非切割型挂线、手术联合治疗。

手术要把握时机，要在克罗恩疾病控制以后采取合适时间，采取合适阶段进行肛瘘治疗。手术方案有很多种，医院可以进行中西医结合、内外科联合的中药治疗。在西医手术药物的基础之上辅之中药坐浴，进行汤剂保留灌肠。