若上颌窦囊肿较小，只局限在上颌窦内，通常没有危害，也没有明显症状。但囊肿持续生长，可突入到颅内，甚至到达眼眶，影响视力，并压迫脑组织出现相应症状。上颌窦囊肿早期不易发现，多在体检时发现，没有明显症状。

若囊肿较大，超过窦腔容积的一半，可考虑做囊肿的摘除手术。若囊肿较小，可进行观察，因为囊肿生长较慢，可能需要数年。另外囊肿的囊壁较薄时，可能自行破裂，比如运动或者进行跑步的动作，有时感到鼻子突然有黄水流出，则需考虑为囊肿破裂所致。