女性出现肚脐上面疼痛的原因，主要如下：

1、妇科疾病：需先考虑盆腔疾病，包括急性或慢性盆腔炎、附件炎、卵巢囊肿、卵巢囊肿的蒂扭转、严重宫外孕等均可造成上述部位的疼痛。另外，女性在月经期，如果有明确痛经，亦可在上述位置出现疼痛；

2、消化系统疾病：如急性或慢性胃炎、肠炎、溃疡性肠病、严重息肉、糜烂、出血等，以及急慢性胆囊炎、胰腺炎、阑尾炎、严重腹膜炎等，这些炎症刺激后，亦可出现肚脐上牵扯样疼痛；

3、泌尿系统疾病：包括严重肾结石、急性肾盂肾炎等，少部分女性在上述位置有疼痛感；

4、其他疾病：女性出现植物神经功能紊乱、自主神经功能失调，在上述部位亦可有疼痛。