肺囊肿手术不一定为切除肺叶，只有巨大且病变邻近肺门时可能需进行肺叶切除。大部分肺囊肿只需局部切除或肺段切除即可解决问题，即切掉一侧肺叶病变部位。虽肺囊肿属于良性疾病，但随囊肿增大及反复感染可加重肺功能损害及并发，如曲霉菌感染、出血甚至癌变。内科治疗一般仅能改善症状，无法解决根本问题，应尽早手术治疗。

而手术方式依照病变部位、范围大小和囊肿数目决定。包括局限一叶肺叶切除，分布在两叶多发行复合肺叶切除，多发性囊肿需行一侧全肺切除，蜂窝状毁损者行全肺切除。而位于纵隔者行囊肿摘除，但需注意囊肿与邻近器官关系，应将囊壁彻底切除。如果与食管、气管、支气管存在通道相通，应将通道切除并及时修补食管或气管、支气管。