胃肠道间质瘤的危险性可以通过危险度分级来划分，可以分为极低危、低危、中危和高危4个等级，风险度越高复发风险越大，治疗效果越差。危险度分级与肿瘤大小、核分裂象、肿瘤的部位有关，还与肿瘤的破裂因素有关。极低危是指直径<2cm、核分裂象<5的肿瘤，如果没有高危因素，不需要手术处理，临床观察即可。
低危是指肿瘤大小2-5cm，核分裂象<5，需要外科手术处理，术后无需要做辅助治疗。中危是指非胃来源，肿瘤大小是在≤2cm，核分裂象>5，或胃来源的肿瘤大小是2-5cm，核分裂象>5。高危的患者是肿瘤大小>10cm，任何大小的肿瘤，只要核分裂象>10就属于高危。如果是肿瘤有破裂，也属于高危，如果肿瘤是>5cm，核分裂象>5，也属于高危。对于高危的患者，术后容易复发，术后一定要给予伊马替尼的辅助治疗，目前认为至少要3年。
