胎儿先天性心脏病居胎儿先天性畸形发生率首位，胎儿先天性心脏病常伴有高危致畸因素，因此具有胎儿先天性心脏病高危因素者是胎儿先天性心脏病的高发群体。绝大部分先天性心脏病的母亲及家族均无明显高危因素，因此应对所有胎儿进行心脏超声筛查。其中具体因素分为以下几类：

1、母体因素，孕妇年龄≥35岁，或曾有异常妊娠史、胎死宫内，患有感染性疾病，包括感染弓形虫、风疹病毒、巨型病毒、单纯疱疹病毒等。代谢性疾病包括糖尿病、苯丙酮尿症等；结缔组织疾病包括系统性红斑狼疮或者干燥综合征等。另外还包括服用过致畸药物、VA3抗惊厥药物、选择性血清素再吸收抑制剂、血管紧张素转化酶抑制剂、维生素K拮抗剂、非甾体类抗炎药碳酸锂等；或是接触过致畸物质，如放射线；

2、胎儿方面因素包括产科超声筛查提示可疑心脏结构或功能异常、心率或节律异常、心脏以外器官畸形、颈项透明层厚度或颈项软组织皱褶增厚、确定或怀疑染色体异常。此外，还包括产科超声筛查提示胎盘、脐带和静脉系统异常，如静脉导管缺如、永久性右脐静脉等。此外，还包括胎儿非免疫性水肿、浆膜腔积液、心包积液、胎儿宫内生长受限、羊水过多或过少、双胎或多胎；

3、家族方面因素包括孕妇患有先心病，则胎儿患先心病风险增加约5%-20%；若胎儿父亲患有先心病，则胎儿患先心病风险增加3.33%。此外，还包括既往有先心病胎儿或患儿的妊娠史，某些与先心病高度相关的遗传综合征家族史与结节性硬化症、威廉姆斯综合征等。