儿童心肌炎分为轻型的心肌炎、重型心肌炎或者暴发性心肌炎，治疗主要根据临床症状、实验室检查、心电图的改变、心脏彩超，以及心脏结构和功能恢复的情况进行综合判断。轻型的心肌炎可能治疗1-2周的时间，临床症状会明显缓解，之前升高的心肌酶可以降到正常，心电图的改变有所减轻或者恢复，心脏的结构和功能大致正常。通常建议服药的周期为3-6个月，是一个比较小的治疗周期。

如果是重症或者暴发性心肌炎，早期病情比较危重，心脏受累范围比较广，相对而言住院的时间较长，儿童的生命体征平稳，临床症状明显缓解，异常升高的心肌酶降至正常或者接近于正常，并且心电图没有急性期的改变，心脏彩超提示儿童心脏的结构和功能均较之前有一个明显好转，此时才可出院。但这部分重症心肌炎的儿童，需要定期在心内科的门诊进行随诊。服药也要根据后期的恢复情况而定，通常建议至少服药一年左右，并根据恢复情况进行酌情的调整。