溃疡性结肠炎在发展的过程中有癌变的风险，对于全结肠炎的患者，病程如果超过8-10年，以及左半结肠炎的患者病程超过15年，其癌变的风险就会比正常人要大大地增加。溃疡性结肠炎的癌变的机制，是肠黏膜上皮细胞在炎症状态下反复修复，会导致息肉以及腺瘤的产生，而结肠癌就在这个基础上发生。

对于溃疡性结肠炎时间较久的患者，最重要的一点就是要定期监测结肠镜，对于很多息肉的患者，要多部位取活检，要进行放大染色的内镜的观察，来切除可疑的息肉。而对于结肠中数目有很多的息肉，溃疡性结肠炎的患者，可能需要进行全结肠的切除，来预防结肠癌的发生。

因此溃疡性结肠炎的治疗当中，患者的依从性非常地重要。因为溃疡性结肠炎需要长期服药，疗程要在3-5年，个别患者因为病情比较严重，可能需要终生长期服药。如果患者依从性差，经常武断地进行减量或者停药，会导致病情反复发作，炎症反复发作，结肠黏膜反复的修复就会造成肿瘤，结肠息肉的发病率增加。