胰腺囊腺瘤并没有一个有效的药物治疗，唯一的治疗方法就是手术切除。并不是所有的胰腺囊腺瘤都有必要切除，有一些病人囊腺瘤体积比较小，从临床上就可以判断是浆液性囊腺瘤，而且经过了一段时间的观察，肿瘤的大小非常稳定，可以先不考虑手术，做临床定期随诊。

进入手术适应症的病人，胰腺肿瘤大于6厘米，或者有黏液性囊腺瘤影像学的表现，进行手术治疗，根据肿瘤位置的不同，手术方式会有所不同。如果肿瘤位于胰腺表面，非常表浅，可以做囊腺瘤局部摘除。如果肿瘤位于胰腺体尾部，肿瘤又比较大，要做胰腺的胰体尾切除。病人肿瘤位于胰头，可能要做更大的手术，胰十二指肠切除术。