手足口病主要是由肠道病毒、柯萨奇病毒、疱疹病毒感染等引起的上呼吸道感染相关疾病，所以先出现口腔黏膜病变，在咽峡部位出现红点，然后口腔内出现比较弥漫的红点，继而变成疱疹，是口腔病变主要变化。

部分患者也会并发化脓性扁桃体炎，此为并发细菌感染的现象。如果出现类似现象，除针对手足口病的抗病毒治疗外，还要对急性化脓性扁桃体炎进行抗细菌药物治疗，同时要保持口腔清洁卫生。