手足口病一般依靠临床症状即可诊断，比如发烧第二天可看到咽峡部出现红点或者很明显的疱疹，发烧第三天手、脚、膝盖或者肛周能看到疱疹，根据上述临床表现可以诊断该病。

现在已经有相关检测项目可以支持手足口病诊断，比如检查EV71型即重症型手足口病检测以及柯萨奇病毒16型检测，但只限上述2个类型，因为柯萨奇病毒16型最常见，EV71型是重症型，二者是最受关注的类型。但并不代表上述2个类型查出阴性一定不是手足口病，主要依据临床症状进行诊断。