扁平疣的治疗方法较多，包括激光、冷冻、火针、光动力治疗、温热疗法、药物口服、外用药物等等一系列物理或者药物治疗方案。医生要根据扁平疣患者皮损发生部位、数目、颜色、患者治疗欲望及经济条件等等，针对不同个体选择不同治疗方案，甚至多种方案联合治疗。

因此临床医生应与患者进行充分沟通交流，包括患者治疗效果、治疗疗程，以及治疗失败或者复发可能性。许多扁平疣的治疗都需要较长时间或是多次就诊，并且疗效不一，所以扁平疣的治疗一定是个体化的治疗方案。