HPV取样时会用一个较小且柔软的宫颈刷在宫颈部位顺时针转几圈，一般不会对宫颈造成损害，即使有损害也很小。部分女性的宫颈可能有急性或慢性炎症，如宫颈糜烂，此时在取样过程中可能发生少量出血，或取样后阴道流出褐色液体或分泌物。

建议体检者取样后的2天避免同房，防止出现上行感染或局部出血过多的情况。即便有出血，也无需进行任何治疗和处理，宫颈有一定自我修复能力，受到月经周期激素水平影响，一次月经后基本可以恢复到取样以前的状态，因此HPV取样不会对宫颈造成损伤。