结构上比较小的房间隔缺损如3-4mm，以及长在中间部位的小缺损可能自愈。房间隔缺损有一定自行愈合的倾向、可能性，但是事实上自行愈合发生率比起室间隔缺损比例是很低的。绝大部分房间隔缺损是不能自愈的，只有那些结构上比较小的缺损就是3-4mm可能自愈，通常大于5mm自行愈合的可能性就比较小。
本来诊断房间隔上有缺损，后来长好的，可能这些本来就不诊断是房间隔缺损，而是天然存在的结构叫卵圆孔未闭，随着生长发育可以在1岁以内有自行愈合的可能性。另外要看房间隔缺损的位置，如果长在高的位置，靠近上腔静脉，或低的位置，靠近下腔静脉，其自行愈合的可能性又比较低。只有那些长在中间部位的有一定可能性，前提是非常小的缺损。