通常不建议多囊卵巢综合征患者进行手术治疗，早年治疗多囊卵巢综合征的卵巢打孔术，在临床实际应用中效果不佳且易造成盆腔粘连、损伤卵巢皮质，导致卵巢功能减退，因而不建议患者通过手术治疗。实际多囊卵巢综合征给育龄期女性造成的最大危害在于不孕，但除手术外可以通过促排卵进行改善。纠正患者异常的内分泌状态后，可以给予克罗米芬或来曲唑等口服促排卵药物治疗。
对于部分较难治性的多囊卵巢综合征患者而言，口服促排卵药物可能不会产生优势卵泡，此时可以加用注射用尿促性素等促性腺激素予以治疗。通常在口服促排卵药物和加用尿促性素的治疗下，多数患者可以有优势卵泡发育且排卵率在80%-90%。若经过促排卵治疗数周期仍无法怀孕或同时合并有其他不孕因素，此类患者可以选择试管婴儿等助孕治疗。
