ANCA相关性血管炎导致的肾病，现在治疗效果大多数较好。ANCA相关性血管炎可能较轻的患者只有镜下血尿，严重可能存在大量血尿以及蛋白尿，更严重的患者有心源体肾炎形成，影响肾功能。如果治疗不及时，可能会导致慢性肾功能不全。
ANCA相关性血管炎导致肾脏病预后，取决于病情进展情况以及开始治疗时病情严重程度。对于只有血尿或者只有少量蛋白尿患者，只要使用常规剂量激素和免疫抑制剂就能控制疾病发展。但是ANCA相关性小血管炎导致的肾病，经常会出现心源体肾炎以及影响到肾功能情况，需要激素冲击，甚至血浆置换治疗。
有时病情不容易控制，还需进行两次，甚至三次激素冲击，大多数可以使肾功能得到逆转，大部分患者肾功能可以维持在较正常水平。即使肾功能不能完全逆转，一部分患者进入慢性肾功能不全状态，可能需要透析，目前透析水平和质量较高，基本不会影响寿命。
