卵巢囊肿一般指上皮性肿瘤如浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤。巧克力囊肿是一种俗称，其实叫卵巢子宫内膜异位囊肿。卵巢子宫内膜异位囊肿就是女同志来月经时出现经血倒流，就是月经血通过输卵管倒流到腹腔。其和子宫内膜特性一样，周期性出血，会形成反复的积血血肿，慢慢机化吸收，囊内液就变得黏稠，像巧克力一样，俗称巧克力囊肿。子宫内膜异位囊肿就叫巧克力囊肿，它和卵巢上皮性的肿瘤有很多地方是不一样的：
1、从患者症状来看，普通的上皮性囊肿一般患者没有症状，往往是体检发现的；而巧克力囊肿，子宫内膜异位囊肿，患者往往会有继发性的痛经。如果患者出现继发性痛经，甚至有性交痛、经期排便痛，要考虑子宫内膜异位的囊肿；
2、查体也有很大差别，普通囊肿往往囊肿很光滑，活动度也很好，和周围组织也不粘连。而子宫内膜异位囊肿，有黏稠的巧克力样陈旧性积血，查体时囊肿固定不活动，子宫直肠窝有触痛，硬结等。其次可以借助超声、核磁影像学检查，如果是一个普通的浆液性囊腺瘤，超声下囊液透声是比较好的。如果是巧克力囊肿，往往里面是密集的光点状回声，一般超声可以帮助鉴别。