治疗肾病综合征的方法，目前主要是以糖皮质激素和免疫抑制药，及其抗凝治疗为主，原则上以增强疗效的同时最大限度的减少副作用，激素为治疗肾脏病目前使用最为广泛的药物，其主要用于抗炎作用，使用的原则方案通常为起量要足，减药要慢。如果患者水肿很厉害，则可以把激素改成静脉注射。
如果患者肝功能不好，则可以采用不经过肝脏代谢的药物。根据患者治疗的反应分为激素敏感型、激素依赖型和激素抵抗型三个类型，根据不同的类型用不同的治疗方案。但是长期用激素有很多的副作用，如感染、糖尿病、骨质疏松，甚至股骨头坏死，需要定期的加以监测。对于激素治疗无效的患者或者激素依赖的患者，需要加用细胞毒性药物或免疫调节药物，应该慎重的掌握用量。目前常用的如环磷酰胺、环孢素、骁悉这类的药物。中医中药可以减少激素的毒副作用，增强疗效、减少复发，配合使用效果更好。
