一些恶性疾病不太适合进行康复治疗，如物理因子治疗的禁忌症包括恶性肿瘤，如果恶性肿瘤的患者进行物理因子治疗，有可能会导致癌细胞扩散。急性炎症期也禁用物理因子治疗，会使炎症扩散，并有出血倾向。另外，局部有金属异物的患者和孕妇等，都不适合做物理因子治疗。

运动治疗的禁忌症是关节炎的急性期，在这一时期，患者的肿胀比较严重，通常不会对患者进行一些运动的训练，包括行走或者关节活动度的训练。未愈合的骨折患者处于不稳定状态，如果进行运动治疗，会加重或者导致患者的骨折再发生。