卵巢囊肿穿刺一般在B超引导下进行，可产生一定疼痛，若患者对疼痛特别敏感，可用镇痛药物，如安定、杜冷丁等缓解。

临床上对于卵巢功能低下或内分泌失调导致不能正常排卵的患者，可通过药物促进排卵。若卵泡成熟后未自然破裂，可借用排卵针促进卵泡破裂。此时卵泡仍未破裂，可导致生理性卵巢囊肿，此类囊肿对患者基本无影响，但若囊肿持续存在或半年以上未自行消失，需采用卵巢囊肿穿刺使囊肿消失。

生理性囊肿可通过B超监测变化，若囊肿在3个月或者4个月自然消失，一般无需处理。若半年以上未自行消失或逐渐变大，可采用卵巢囊肿穿刺治疗，使囊肿消失。卵巢囊肿本身为生理性，一般对健康没有影响。