巧克力囊肿并非必须手术，对于比较小、痛经并不严重、没有生育要求的巧克力囊肿患者，可以进行保守治疗，即用药物控制，控制发展速度。若囊肿特别大，超过5cm，或因为巧克力囊肿患者长期不怀孕，也需要进行手术，还有痛经非常严重的病人，也要进行手术的干预。手术治疗以后，70%以上的痛经都能够达到缓解。

手术方式有多种，根据手术路径不同，可以选择用腹腔镜微创方法剔除囊肿，切除所有子宫内膜异位症的病灶。还有一种路径是开腹方法，开腹不属于微创，在不具备腹腔镜手术或手术非常难度大时，可以选择开腹手术方式进行治疗。