小便有臭味的原因是泌尿系感染。泌尿系感染女性比男性多，因为女性尿道外口毗邻阴道和肛门，而且女性尿道短且直，从尿道外口到膀胱只有3cm左右，但男性也会得泌尿系感染。
当泌尿系感染出现时，整个尿路上皮黏膜充血、肿胀、水肿，容易脱落。脱落上皮中有大量蛋白，加上尿液中大量细菌，还有代谢废物，混杂在一起容易让尿液浑浊、发臭。由于整个泌尿系黏膜充血、水肿、感觉神经外露，临床上还会有尿频、尿急、尿痛表现。
出现这些症状后，如果做尿常规中发现大量白细胞，则泌尿系感染的诊断明确，针对常见致病菌进行治疗。最常见的致病菌是大肠杆菌、金黄色葡萄球菌，按经验用药首选喹诺酮类、头孢或磷霉素。
如果感染久治不愈，要考虑是不是特殊类型病原体，需做细菌培养、鉴定，明确细菌种类及对药物的敏感度，再进行治疗。
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