小便会痛原因如下：
1、尿路感染：最常见的原因是尿路感染，尿路感染女性多见，由于女性的尿道毗邻阴道和肛门，而且女性的尿道短且直，常见的细菌如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌，会沿着尿道外口进入到尿道和膀胱的黏膜，在膀胱尿道黏膜表面定植，造成尿路上皮充血、水肿、感觉神经外露，所以在膀胱收缩尿道，开始将尿液排出时，会感到疼痛，因为黏性上皮会剧烈收缩。治疗上是以抗生素治疗为主；
2、尿道结石：当结石排出经过尿道时，由于尿道中有异物，人体会努力将其排出，所以小便会痛；
3、前列腺炎：是对于男性小便会痛的重要病因，前列腺炎时，一方面尿道的部分体表投射神经，会穿过前列腺，所以前列腺炎时，可能会误以为尿道也会疼，特别是在阴茎处的尿道；另一方面前列腺液中可能带菌，也可能会影响到尿道的黏膜上皮。
