咽鼓管堵塞应根据病情、致病因素的不同，采取适当、有针对性的治疗措施，有效缓解咽鼓管堵塞的问题。若同时存在过敏性鼻炎以及鼻窦炎，需使用鼻喷激素，比如糠酸莫米松或氟替卡松喷鼻，还可适当使用抗组胺药以及白三烯受体拮抗剂，比如孟鲁司特。对于小孩有腺样体肥大，需要通过腺样体切除手术，改善咽鼓管堵塞。
咽鼓管堵塞只存在于一侧时，需进行鼻咽内镜检查，判断鼻咽部有无肿瘤存在，比如鼻咽癌即为导致一侧咽鼓管堵塞常见因素。堵塞症状的发生也可与胃酸胃液反流到鼻咽部，刺激咽鼓管在鼻咽部的开口，使咽鼓管发生咽鼓管炎、咽喉管黏膜肿胀，从而使咽喉管堵塞。也应针对胃酸反流，使用抑制胃酸的药物进行治疗，比如质子泵抑制剂，才会取得较好的疗效。
此外咽鼓管堵塞的多数原因并不明确，必要时可以考虑进行咽鼓管球囊扩张治疗。
