肛瘘是感染性疾病，因为肛腺感染以后与肛门周围皮肤相通，最后会形成纤维化窦道。肛瘘几乎无法自愈，必须经过手术将感染原、感染的窦道全部切除、清理干净，最后才可能得到治愈。

当然部分病人，即潜在的病人长期没有症状，而在没有症状的时候可以考虑不进行手术治疗，但是也可将其理解为定时炸弹，可能随时再发生像肛周脓肿这种比较急性的炎症情况。此时再做手术可能会导致损伤的增加、手术风险增加，所以建议一旦发现肛瘘应尽快进行手术。