连花清瘟和999感冒灵主要区别是二者成分不一样，连花清瘟是纯中药制剂，而999感冒灵是中药和西药的成方，中药的成分也不一样。连花清瘟主要是由连翘、金银花、苦杏仁、菊花、知母等各种成分进行提取制成的颗粒或者胶囊，主要作用是清热凉血，用于上呼吸道感染以及肺热，对于新型冠状病毒肺炎也有一定疗效。

而999感冒灵是由中药和西药复方制剂组成，中成药成分主要有金盏银盘、菊花、岗梅以及知母、石膏，也是有清热泻火、凉血的作用。西药成分有对乙酰氨基酚、扑尔敏和咖啡因，这些成分组合到一起有解热镇痛、清热凉血的作用。

相对来说感冒用999感冒灵，就不用再吃西药，但是用连花清瘟如果不能够控制症状，还需要加上康泰克或者快克这些西药，才能够控制症状，所以二者有非常大的区别。