肛瘘明确后，早期及患儿＜3周岁肛瘘不建议手术治疗，因为此类情况肛瘘存在自愈可能。患儿＞3周岁、反复发作肛周感染、肛旁感染及肛瘘感染，建议手术治疗。

目前肛瘘手术方法较多，部分患者可以通过挂线疗法或肛瘘瘘管切除手术治疗。根据患儿自身情况综合判断，多数患者采用挂线治疗。具有损伤小、复发率低的特点。部分患儿可以采用瘘管切除治疗，因为部分患儿肛瘘管较为粗大，无法使用挂线治疗。因此，应根据患儿实际情况决定手术方式，首选肛瘘挂线治疗。