先天性心脏病病因较为复杂，通常认为与遗传和环境等因素有关。我国2007年曾经对北京市8万多个孩子进行了流行病学调查，主要考虑先天性心脏病原因包括妈妈被动吸烟、吃腌制食品、早期感冒、接触射线、有糖尿病，以及爸爸吸烟、喝酒等。

具体何种原因会导致先天性心脏病，目前还没有确切结论。所以对于先心病依然需要长期不懈的研究诊治、发现病因后进行对因治疗。