并无最佳方法一说，常见去除甲沟炎肉芽的方法如下：
1、轻症肉芽的去除方法：可以通过换药、局部的护理消除，甲沟肉芽通常是甲沟炎形成的慢性炎症，引起局部的化脓和组织增生等表现。炎症早期，通过换药、局部的消毒处理、湿敷，可以使炎症消散，使比较轻的肉芽得以消除；
2、重症肉芽的去除方法：如果肉芽增生明显，并且出现典型的嵌甲状态，单纯换药恐怕难以消除肉芽，有时需要做肉芽烧灼，为减轻病人的疼痛，通常在麻醉状态下，将炎症肉芽切除，或者用电凝做烧灼；
3、复发肉芽的去除方法：需要做甲沟的成形，即将肉芽包绕甲侧指甲的甲根部分切除，而后重新缝合成型，避免再出现炎症，引起肉芽的复发。
