尿道下裂属于复杂疾病，常见病因有内分泌因素，主要发生在胎儿时期，分泌激素的器官下丘脑-垂体-性腺轴发育异常，或睾丸雄激素水平产生异常，以及阴茎体对雄激素敏感较差可导致阴茎体发育异常，环境因素也可导致先天性尿道下裂。

在妊娠早期，部分保胎药物可能导致新生儿尿道下裂发生概率升高，染色体异常在尿道下裂患儿中出现几率较正常人群明显增高。基因突变也是原因之一，尿道下裂患儿可能存在雄激素受体基因、性别决定基因和其它相关基因突变导致尿道下裂发生。