婴儿可以吃低聚果糖，但是不推荐健康婴儿把低聚果糖作为常规饮食。低聚果糖是益生菌的衍生物，不能在人体内被肠道消化、吸收，而是直接进入大肠，促进双歧杆菌因子增生，双歧杆菌因子与普通益生菌相比，具有更强的抗菌性和调节肠道菌群作用，比普通益生菌作用更强，与特殊的物理和化学性质有一定关系。
低聚果糖在临床上一般用于应用抗生素的婴儿，当出现肠道菌群失调，可以适当补充低聚果糖，改善肠道内微生物环境。此外如果婴儿长期存在便秘的情况，可以适当口服低聚果糖，因为低聚果糖不仅可以调节肠道菌群，还能改善肠道功能、促进肠道蠕动，能对便秘起到一定缓解作用。所以婴儿可以服用低聚果糖，但是不建议健康婴儿长期服用，有疾病或特殊需要时可以少量服用。
