小儿患有疱疹性咽峡炎，一般没有特效的抗病毒药物，多数是使用对症的药物缓解症状，通常可以采取以下几种方式进行治疗：
1、服用退热药：如果小儿体温超过38.5℃时，可以适当服用对乙酰氨基酚或者布洛芬类等退热药物，将其体温尽量维持在相对比较平稳、正常的状态；
2、使用含片或喷雾药：如果疱疹性咽峡炎引起明显疼痛，可以适当给小儿使用含片类药物或者喷雾药物，使其局部疼痛得到缓解；
3、使用中药：可以适当使用清咽利喉或者清热解毒类的中药，对小儿疱疹性咽峡炎也有一定的治疗作用。
因此小儿出现疱疹性咽咽炎，多数应该到医院就诊进行相关的化验检查，要排除是否合并细菌感染。多数疱疹性咽峡炎由于病毒感染造成，例如柯萨奇病毒、EV71肠道病毒感染等，这时一般不会使用抗生素。但是如果小儿疱疹性咽峡炎的确合并细菌感染，也有可能出现细菌感染的状态，这种就应该适当使用抗生素进行联合用药，才能缓解小儿的疾病状态。
