新生儿黄疸的危害取决于黄疸程度与病因，如果黄疸高，比如免疫因素、ABO溶血或者Rh溶血导致的黄疸，在黄疸发生阶段，会造成严重的贫血症状。如果黄疸指数较高，在18-20mg/dL以上，且不及时治疗，会导致胆红素脑病引起惊厥、脑细胞受损、发育不良症状，形成脑部损伤，伴有手足抽动以及听力、视力、牙釉质发育障碍等。

黄疸高除了对这些重要脏器的影响，还会出现皮肤损伤，如皮肤瘙痒、皮疹等。如果胆道系统发育异常，胆红素会持续升高，造成心脏、肝脏损伤及对皮肤损伤、脑神经系统损伤。