甲亢治疗的口服药物主要有丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑，这2种药物各有优缺点，选择哪种药物治疗主要是结合患者的具体情况而定，也会用对抗甲亢药物副作用的药物以及甲亢本身引起的相关症状的对症治疗，具体如下：
1、甲巯咪唑：甲巯咪唑的抗甲亢作用强于丙硫氧嘧啶，而且粒细胞减少和肝功能受损的副作用也少于丙硫氧嘧啶，所以习惯首选甲巯咪唑治疗甲亢。但此药物的缺点是通过胎盘的量较多，生育年龄的妇女患甲亢的几率较高，所以怀孕的妇女最好不要选择甲巯咪唑，尽量选择丙硫氧嘧啶；
2、丙硫氧嘧啶：丙硫氧嘧啶通过胎盘的量较少，当然不是0。胎盘通过的量少，所以对胎儿的影响更小，尽管肝功能受损的副作用几率更高，所以一般在严密监测肝功能的情况下，对怀孕的甲亢妇女使用丙硫氧嘧啶。
甲亢的治疗具体选用哪类药物，要权衡利弊，考虑患者的风险情况。也存在没有怀孕的甲亢患者，使用甲巯咪唑后出现过敏、粒细胞减少等情况，可能在换用丙硫氧嘧啶后以上情况就会消失，所以不是绝对。
一般首选的是甲巯咪唑，如果是怀孕妇女，可能首选的是丙硫氧嘧啶。但在具体情况中，对某种药物过敏可能换用另一种药物，可以使甲亢的治疗作用延续。
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