病毒感染患者反复发烧意味着问题没有解决，即病毒感染没有清除掉。如EB病毒感染、巨细胞病毒感染，通常容易导致发烧比较久，是因为人体的免疫系统不太好迅速控制住病毒的感染。尤其是当身体免疫系统本身存在一定程度缺陷时，病毒在体内反复繁殖，反复导致身体发炎，导致反复发烧。
除病毒本身没有控制住，导致身体反复发烧，有时也可以分析其它情况，即病毒感染是开始的问题，发烧时病毒感染已经好了，但是在病毒感染的基础之上，可以并发其它的感染，比如合并了细菌感染。如果不及时控制细菌感染，也可以导致反复发烧。最为常见的情况，如病毒性呼吸道感染，比如病毒感冒或病毒原因导致的支气管炎。在病变的基础之上，因为呼吸道已经受损，局部免疫力下降，细菌有时也会趁虚而入。所以如果遇到这种情况，可能要关注的不是病毒感染的问题，而是后续继发细菌感染问题，及时应用抗菌素非常有必要。
