室间隔缺损自愈率，主要与室间隔缺损大小、室间隔缺损位置有关。一般膜部室间隔缺损相对自愈率高，室缺范围越大越不容易自行愈合。一般室间隔缺损以5mm为界限，通常认为5mm以下，比如2-3mm甚至更小容易自愈。室间隔缺损越大，分流量越大越不容易愈合。

如果肌部室缺不是很大，愈合率也相对高。肌部室缺因为在肌肉上，周围比较厚，肌肉在收缩时，相对比较容易挤压，对室间隔缺损愈合有很大帮助。所以，室间隔缺损自愈相对房缺难。