垂体是人体的重要内分泌器官，会分泌较多激素，同时垂体周围有视神经、视交叉等重要结构。垂体脓肿常会对临近结构造成侵犯，从而使局部形成粘连，手术后患者容易出现并发症和后遗症，常见后遗症如下：
1、垂体脓肿如果突破鞍膈，破入颅内，特别是脓性成分进入蛛网膜下腔，会造成颅内感染，出现脑膜炎，甚至硬膜下积脓，严重时会危及生命；
2、垂体脓肿手术后，由于局部组织愈合能力降低，术后发生脑脊液漏的概率较高。同时由于垂体脓肿本身对垂体的破坏，以及手术操作造成的影响。术后常出现垂体功能低下，需要长期进行内分泌的替代治疗；
3、脓肿可能会影响垂体柄，手术后容易出现尿崩症，需要进行药物治疗。
