人体消化道包括口腔、咽部、食管、胃、十二指肠、空肠、回肠、大肠，大肠包括盲肠、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠和直肠，最后到肛门。肠镜主要检查大肠，从肛门插管，从直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，然后缓慢退回检查大肠。

多数患者检查肠镜可能不会特别难受，但部分比较敏感、比较瘦弱的患者或者做完妇科手术出现伤口粘连的患者，容易出现疼痛感。患者若比较担心或者害怕疼痛，可以选择无痛肠镜，疼痛感会明显减轻，基本在睡着状态下完成检查。