直肠黏膜脱垂诊断通过两种方式进行检查，具体如下：

1、指诊，即肛诊，指诊时手可以触摸到很多皱襞，就像麻团一样，而且手指进肠壁时会不顺畅，慢慢蠕动才能进去，有时堵到肛门边上都进不去，这也是诊断直肠黏膜脱垂的初步诊断；

2、肛门镜检查，做肛门镜时会发现，直肠黏膜特别松弛，都堆砌到、压迫到肛门镜边缘，而且直肠黏膜有水肿，这是判断直肠黏膜脱出的主要方法。有些直肠黏膜脱垂特别明显，基本上脱到使劲用力或蹲下用力时，直肠黏膜直接脱出肛门外，肉眼就能看到，这样诊断就更明显。但是有些直肠黏膜脱垂还要做深一步的检查，包括排便造影、肠镜及各项检查，才能进一步诊断。