彩色多普勒超声检查的主要目的如下：
1、明确诊断属于哪一种类型的先天性心脏病，比如室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭、或者是法洛四联症以及一些复杂先心病；
2、判断患者是否适合手术或是进行其它治疗，再者可提供手术或治疗中的一些细节，包括如瓣膜活动、瓣环大小等；
3、另外部分较复杂的先天性心脏病，只能做姑息性的治疗或根治性的治疗，需根据指标来进行判断，比如法洛四联症，需观察肺动脉发育的情况，如果肺动脉发育特别差，还需做分期的手术或是姑息的手术治疗，一些肺动脉发育相对较好，可以做根治性的手术。