胃镜检查有一定的痛苦性，胃镜直径大概在0.7cm，经过口咽部进入到食道中，再进入到胃中，最后观察到十二指肠降段。胃镜的检查因为要通过咽喉部，所以不可避免的会引起患者恶心、干呕的症状，而且对于胃的观察需要向胃腔中打气，将胃腔撑开有利于观察胃腔中的每一处皱襞，有助于发现病变。充气的过程中，患者可能会感到上腹胀、恶心、欲吐等感觉。每个人的疼痛感受不一样，有的人比较敏感，很难承受胃镜检查的痛苦。对于老年人，因为感受已经比较迟钝，所以做胃镜检查的反应一般要比年轻人小。
胃镜检查也有一定风险，因为毕竟是有创检查，比如咽喉部擦伤以及胃黏膜损伤，可能会造成出血、穿孔等并发症，但发生几率很低。另外可能就会诱发心脑血管疾病的出现，因为胃镜的检查本身有一定痛苦，可能会引起患者血压、心率的改变，从而可能诱发心脑血管疾病的发生。对胃镜检查怀有巨大恐惧心理的患者，可以考虑行无痛胃镜的检查，也就是在麻醉下行胃镜检查。
